プロジェクトを開いていないときは、「ツール」 > 「データベースの最適化(R)...」を選択することができます。ダイアログボックスで、プロジェクトフォルダから任意のプロジェクトファイル"*.pro"を選択して実行してください。この操作で、内部の構造を最適化し、データベースのサイズを減らすことができます。